Asıl adı Miks olan Bahçesaray’ın Büyük İskender’in doğu seferi milattan önce 330’da kurulduğu rivayet edilmektedir. Bu iddiayı destekleyen tarihi emareler mevcuttur. Bilinen tarihi ise 800 ve 900 yılları arasında Vaspurakan Ermeni Hanedanlığına bağlı bir prensliktir. Daha sonraları ise 1064’te Selçuklu Sultanı Melikşah tarafından fethedilmiştir. O günden sonra ise Müslüman devletlerin egemenliğinde kalmıştır. En son Safevilerin egemenliğinde iken 1548 yılında bir daha el değiştirmeden Osmanlı topraklarına katılmıştır. Osmanlılar dönemindeki idari statüsü bazen sancak bir dönem de Mirlivalık olarak tahsisi yapılmıştır. Tanzimat Fermanının ilanı ile irsi yönetimlere son verildiğinden statüsü kaza olarak belirlenmiştir. Van beylerbeyliğine bağlı olan Miks 1891 yılında Nahiyeye dönüştürülüp Van’ın Gevaş ilçesine bağlanmıştır. 1927 yılında ise Siirt’in Pervari ilçesine bağlanmıştır. 1964 yılında Bahçesaray adını alarak yapılan bir plebisit ile halk tercihini Gevaş’tan yana kullanmış, Nahiye Gevaş’a bağlanmıştır.1987 yılında 04.07.1987 tarih ve 19507 sayılı Resmi Gazete ile Van iline bağlı ilçe statüsüne kavuşmuştur.
Bahçesaray ilçesi 576 km² yüz ölçümüne sahip deniz seviyesinden 1670
metre yüksekliktedir. Van il merkezine 110 km uzaklıktadır. Ayrıca ilçeye
Hizan üzerinden gitmekte mümkündür. Çetin arazi ve tabiat şartlarına sahip,
etrafı sarp yüksek dağ ve tepelerle çevrilidir. Dar bir yerleşime sahiptir.
İlçe doğuda Çatak, batıda Bitlis iline bağlı Hizan, kuzeyde Gevaş,
güneyde ise Siirt iline bağlı Pervari ilçesi ile sınırdır. İlçenin kuzeyinde bulunan
Ağirov dağı eteğinde Serkahni (Çeşme Başı) dedikleri membadan çıkan, Müküs
(Bahçesaray) olarak adlandırılan akarsu ilçeyi ikiye bölerek uzun ve dar vadiden
geçtikten sonra Pervari ilçesi sınırına ulaşır.